Il Vestibolo Quadrato è la prima sala del Museo Pio-Clementino, e conduce al Gabinetto dell'Apoxyomenos. Il gabinetto ospita una delle sculture greche più famose, l'Apoxyomenos, una statua in bronzo di un atleta che si raschia l'olio dal corpo con uno strigile. La statua è notevole per la sua rappresentazione realistica del corpo dell'atleta e risale al IV secolo a.C. Il gabinetto contiene anche altre opere degne di nota, come la figura in bronzo di Ercole, l'Arianna dormiente e la statua del Pugile in riposo.
L'Ottagono è una grande sala ottagonale che funge da fulcro del Museo Pio-Clementino. La stanza presenta uno splendido pavimento in marmo e un soffitto a cupola adornato con affreschi raffiguranti gli dei dell'Olimpo. Il cortile contiene una serie di antiche sculture romane, tra cui la colossale statua di Atena e l'Apollo del Belvedere.
La Sala degli Animali è una grande galleria che ospita una collezione di antiche sculture romane raffiguranti vari animali. Le sculture spaziano dall'imponente Elefante in marmo, l'opera più grande della galleria, a pezzi più piccoli come il Lupo con Romolo e Remo, che raffigura la storia mitologica della fondazione di Roma.
La Galleria delle Statue e la Sala dei Busti sono due grandi gallerie che contengono una vasta collezione di sculture antiche greche e romane. La Galleria delle Statue è degna di nota per la sua collezione di antiche statue romane, tra cui la famosa statua del dio del fiume Arno, mentre la Sala dei Busti presenta i busti di molti personaggi storici famosi, come Giulio Cesare e Platone.
Il Gabinetto delle Maschere è una piccola stanza che contiene una collezione di antichi mosaici e affreschi romani. La sala prende il nome dal mosaico pavimentale raffigurante varie maschere teatrali, che costituisce il fulcro della sala. Altre opere degne di nota nel gabinetto sono gli affreschi della Villa di Livia e il mosaico della Battaglia di Isso.
La Sala delle Muse è una grande galleria che ospita una collezione di antiche sculture romane raffiguranti le nove muse della mitologia greca. Il fulcro della stanza è la famosa statua di Apollo con le Muse, che raffigura Apollo che suona la sua lira mentre le muse danzano intorno a lui.
La Sala Rotonda è una stanza circolare che contiene una collezione di antiche sculture romane, tra cui la famosa statua di Laocoonte e dei suoi figli. La statua raffigura il sacerdote troiano Laocoonte ei suoi figli attaccati da serpenti marini ed è ampiamente considerata come uno dei migliori esempi di scultura greca antica.
La Sala a Croce Greca è una piccola stanza che presenta una pianta a croce greca e contiene una collezione di antiche sculture romane, tra cui la famosa statua del Nilo. La statua raffigura il fiume Nilo come un vecchio con canne e animali ai suoi piedi, a simboleggiare la forza vivificante del fiume.
Il Museo Pio Cristiano fu fondato a metà del XIX secolo da Papa Pio IX. Originariamente si trovava nel Palazzo del Laterano, ma fu trasferito in Vaticano all'inizio del XX secolo. Il museo è stato creato per esporre i numerosi antichi manufatti cristiani che erano stati scoperti durante gli scavi delle catacombe di Roma.
Il museo contiene una vasta collezione di antichi manufatti cristiani, tra cui sarcofagi, affreschi, mosaici, iscrizioni e oggetti liturgici. Molti di questi manufatti risalgono al periodo paleocristiano, compreso il III e IV secolo.
Gli affreschi del Museo Pio Cristiano sono tra i più antichi esempi di arte cristiana esistenti. Forniscono uno sguardo alla prima comunità cristiana e alle loro credenze e pratiche. Molti degli affreschi raffigurano scene del Nuovo Testamento, tra cui l'Ultima Cena e il Battesimo di Cristo.
I manufatti del museo sono esposti in ordine cronologico, a partire dal primo periodo cristiano e progredendo attraverso i secoli. Le esposizioni sono organizzate tematicamente, con sezioni dedicate ad oggetti liturgici, sarcofagi, affreschi e mosaici.
I sarcofagi del Museo Pio Cristiano sono alcuni dei reperti più importanti della collezione del museo. Forniscono una finestra sulle prime credenze cristiane sulla morte e sull'aldilà. Molti dei sarcofagi sono decorati con immagini cristiane, comprese scene del Nuovo Testamento e simboli della fede cristiana come il pesce e la croce. Spesso presentano anche iscrizioni che forniscono importanti informazioni storiche sulla prima comunità cristiana.
Una delle opere d'arte più famose dei Musei Vaticani è la cappella Sistina, dipinta da Michelangelo all'inizio del XVI secolo. Il soffitto della cappella presenta alcune delle immagini più iconiche della storia dell'arte, tra cui la Creazione di Adamo.